Todos los terrenos del municipio corresponden al período cretáceo, compuestos por rocas calizas y areniscas, con grandes depósitos de sedimentación que nos hace ver las montañas muy desgastadas.

Elementos cálcicos componen la parte norte, y de hierro la Sierra del Madero, al sur. Así pues abundan el Oligisto como mineral de hierro; también se encuentran minerales de plata y de cobre, éstos en forma de Piritas y Calcopiritas cristalizadas en cubos perfectos, a los que llaman “Cantalobos”.

Los minerales de las tierras de labor son productos de sedimentación de las montañas que las rodean. Los cerros están constituidos por formaciones calcáreas de sedimentación.

La Sierra del Madero es límite entre las cuencas de los ríos Duero y Ebro, siendo a esta última a la que pertenece Trébago. Las aguas vierten al río Manzano, que las lleva al Añamaza y de éste al Alhama, afluente del Ebro.

El norte es tierra seca, de constitución calcárea, que en caso de tormentas forman torrentes que fluyen por los barrancos. Por el sur los montes son de capas silícicas, ferruginosas y arcillosas, con lluvias más regulares que hacen aflorar manantiales y fuentes que vierten al río.

No hay depósitos naturales de agua permanente, pero en algunos lugares se embalsan las aguas de lluvia y nieve, para uso de consumo humano, animal y de regadío.